1914年袁世凯派陆建章督陕革命党人遭迫害,次年焦子静、胡景翼等在富平一带组织讨袁军,推陈树藩为陕西护国军总司令,焦子静为先锋支队司令,此间马一直在焦部任职参加讨袁逐陆,陈树藩在护国军的支持下取代陆建章任陕西督军后倒向北洋军阀,派部分青年军官到保定军官学校深造马是其中之一,但他不愿受陈的支配去保定途中借故转赴上海见于右任,经于介绍到广州谒见孙中山,孙见马年轻有为着他回陕从事推翻陈树藩的活动。
1917年12月10日西安警备军统领耿直发动兵变,派马(时在耿部任参谋)带精壮20余人在副官张振义的协助下刺杀陈树藩,却误击关中道尹陈友璋致死,使陈树藩逃脱。1918年于右任就任陕西靖国军总司令,马在第三路司令曹世英部先后充任营长、团长等职部队驻临潼交口镇,其间曾捐资兴学还在高陵县金古都村为学校捐款购地修建教室,。
1924年北京政变后胡景翼就任国民军第二军军长兼河南军务督办派兵攻打吴佩孚,刘镇华受吴的指挥侧击胡景翼,胡命马率部抵二华(华县、华阴)地区,侧击刘镇华军失利,后又到河南国民军第二军李纪才部任团长。
1925年奉系军阀张作霖与直系军阀吴佩孚联合夹击冯玉祥部,冯部失利国民军第二军在河南相继被吴佩孚击败,马所率之团溃散只身流落郑州汉口暂居友人家中,1926年11月西安解围后,马返回陕西被国民军联军驻陕总司令部任命为旅长,赴渭北召集旧部,部队尚未训练即遭冯子明部袭击而战败被冯子明收编。
1927年春杨虎城任国民军联军第十路军司令(旋改为国民革命军第二集团军第十军军长)马任杨部参谋长,宁汉合流后杨派马到第十军南京办事处做联络工作,后杨部开赴临沂进剿刘桂棠匪部马任团长,1929年蒋、冯分裂,蒋编杨部为新编十四师,马任旅长驻湖北老河口。
1930年蒋、阎(锡山)、冯(玉祥)中原大战开始,杨部又被改编为讨逆军第十七路军,马仍在杨部任第三旅旅长,大战结束后十七路军奉命回陕,马率第三旅于同年10月27日最先进入西安,被杨虎城任命为西安警备司令。
10月31日蒋介石以十七路“讨逆”有功,将所辖旅扩建为师,马被擢升为第五十八师师长,蒋介石对杨虎城从未信任唯恐杨的实力扩大,在十七路各旅扩编为师不久,即下令限其只留两个师,杨遂将马的第五十八师改编为陕西警备师划为地方部队,同年5月杨派马师东剿石友三部师部驻洛阳。
1932年杨又令马率部去陇南进剿马锡武部后驻防天水,马对杨将第五十八师番号编为陕西警备师本已不满,对杨令他不时进剿河南与甘肃的土匪更加愤懑,最终酿成脱离杨虎城的天水事变,天水事变失败后马和团长毕梅轩出潼关去南京,蒋给马以军事委员会参议名义,后又入陆军大学十三期学习,三年毕业后被国民政府授予陆军中将衔,派任平汉铁路警察署署长驻汉口。
1936年西安事变期间,南京国民政府派他为西北军事特派员驻潼关,西安事变和平解决后又回汉口任平汉铁路警察署署长。
1938年10月汉口、武昌失守时,马奉命破坏市郊及平汉铁路交通设施,后到重庆任交通警备第十四总队司令,旋又调中央训练团任军事教官。
1945年冬任西北军风纪视察团副主任,临潼县县长为讨好视察团,暗中差人给马贿送一面袋钞票,他把这批钱送交胡宗南处,并将此事通报省辖各县,同时上报国民党中央党部,胡宗南对马的做法极为不满,认为有伤尊严借机向蒋建议,撤销了这个视察团并迫其离陕,后任铜川煤矿理事兼主任,1947年被选为“国大”代表,到南京出席“国民大会”后定居南京。
1949年4月20日人民解放军横渡长江即将进入南京之际,马联合南京各界代表组织了治安维持委员会,于4月23日致电毛泽东欢迎人民解放军进入南京,毛曾复电嘉奖,南京解放后他参加了南京市军事管制委员会的工作。
1951年陕西新区土改时马携眷回西安租赁民房居住,把自己在三原县东里村原先修建的两院房舍及花园全部捐给当地学校,后任政协西安市第一、二届委员会委员,陕西省人民政府参事室参事。
1962年3月17日因脑溢血病抢救无效在西安逝世,晚年仍不忘台湾的故旧深切关心祖国的统一大业,曾就和平解决台湾问题于1955年向毛泽东提出建议,中央人民政府发给8万元人民币以资奖励,他将这笔钱全部购买了建设公债。